1880
В 1880 году была сдана в эксплуатацию первая железнодорожная линия Азербайджана. Строительство 20-километровой железной дороги Баку-Сабунчи-Сураханы началось в конце 1878 года. В Баку было возведено простенькое на вид здание пассажирского вокзала. 20 января 1880 года состоялась торжественная церемония открытия дороги. Этот день считается датой создания железной дороги в Азербайджане. Изначально железная дорога Баку-Сабунчи-Сураханы использовалась только для транспортировки нефти. По этой линии впервые в мире нефть транспортировалась цистернами. Однако вскоре по тому же маршруту начались и пассажирские перевозки. Доехать от Баку до Сабунчи можно было за 50-60, от Баку до Сураханы – за 90 минут. С расширением сети трубопроводов на Абшеронском полуострове железная дорога Баку-Сабунчи-Сураханы была полностью отдана в распоряжение пассажиров.

1883
В 1883 году была введена в строй магистральная железная дорога Баку - Елизаветполь (Гянджа) - Тифлис. Первая нефть со станции Баку-Товарная, первой грузовой станции в Азербайджане была отправлена по железной дороге в направлении Тифлиса 8 мая 1883 года. Поскольку Тифлис был связан железной дорогой с Поти, нефть в кратчайшие сроки доставлялась на побережье Черного моря. Однако структура порта Поти не позволяла транспортировку больших объемов нефти. Поэтому более удобный порт - Батум вскоре был оснащен необходимым оборудованием для загрузки крупных партий нефти, и сюда была проложена железная дорога из Тифлиса. Железная дорога Тифлис-Гори-Кутаис-Поти-Батум стала продолжением магистральной железной дороги Баку-Елизаветполь-Тифлис, тем самым побережья Каспийского и Черного морей были соединены железной дорогой.

1884
В 1884 году в Баку был сдан в эксплуатацию «Тифлисский вокзал». Первое здание вокзала предназначалось главным образом для перевозки рабочих на нефтяные месторождения и нефтяной порт и не было предусмотрено для приема туристов или российских чиновников и иностранных предпринимателей, прибывавших в Баку по железной дороге Тифлис-Баку. Возникла потребность в современном железнодорожном вокзале, который стал бы визитной карточкой стремительно развивающегося Баку. Проект вокзала Бакинской железнодорожной станции, получивший название «Тифлисский вокзал», был утвержден 10 ноября 1882 года. Автором проекта стал Хрисанф Васильев, архитектор железной дороги Баку-Тифлис. Торжественное открытие вокзала состоялось 10 января 1884 года. Тифлисский вокзал по праву считался одним из прекраснейших вокзалов империи.

1900
В 1900 году железные дороги на территории Азербайджана были соединены с остальной сетью железных дорог Российской империи. В 1896 году было разрешено строительство железной дороги Порт-Петровск (Махачкала) - Дербент, а в 1897 году - железной дороги Баку-Дербент. В технико-экономическом обосновании строительства ж/д линии подчеркивалось, что существует большая потребность в максимально кратчайшем пути для доставки производимых в Баку товаров в Россию. Железная дорога Баку - Баладжары - Дербент - Порт-Петровск (Махачкала) была построена в 1900 году. С запуском этой линии объем нефти, транспортированной из Баку на север, увеличился: если в 1883 году эта цифра составляла 12,5 млн пудов (205 тысяч тонн) нефти, то уже в 1901 году достигла 51,6 млн пудов (845 тыс. тонн).

1918
Одним из первых министерств в правительстве Фатали хана Хойского после провозглашения 28 мая 1918 года Азербайджанским национальным советом независимости страны, стало Министерство путей сообщения Азербайджанской Республики. Наряду с другими ведомствами в составе министерства были созданы управление Азербайджанской железной дороги и охранное управление Азербайджанской железной дороги. Первым министром путей сообщения был назначен Худадат-бек Мелик-Асланов, занимавший ту же должность еще в правительстве бывшей Закавказской республики. Известный инженер-изобретатель с большим опытом работы в сфере железнодорожных работ Худадат-бек занимал пост министра путей сообщения и в последующих четырех правительственных кабинетах.

1926
В 1926 году в Баку начала свою работу первая в СССР электрифицированная железная дорога. А еще за два года до этого, в феврале 1924 года в Баку была введена в строй трамвайная линия. Дешевизна трамвая как вида транспорта породила идею строительства в пригороды Баку электрической железной дороги. Это решение Бакинский Совет принял 29 февраля 1924 года. Неимоверными усилиями все строительные работы были завершены в течение 14 с половиной месяцев вместо планируемых 18 месяцев. Таким образом 6 июля 1926 года появилась первая в Азербайджане, да и во всем СССР электрифицированная железная дорога. Преимущества электрической железной дороги были очевидны, население она также пришлась по душе. В 1926–1931 годах по линии Баку-Сабунчи-Сураханы было перевезено 10 миллионов пассажиров.

1941-1945
Азербайджанские железные дороги внесли большой вклад в победу над фашизмом во Второй мировой войне. В 1941-1945 годах по азербайджанской железной дороге на фронт было отправлено свыше 600 тысяч цистерн нефти и нефтепродуктов, 700 тысяч вагонов других грузов. Азербайджанские железные дороги сыграли важную роль в эвакуации беженцев, фабрик и заводов с оккупированных территорий СССР, а также в транспортировке военных на передовую. Поскольку Азербайджан был основным логистическим центром на Трансиранском маршруте ленд-лиза (снабжение западными союзниками СССР военной и продовольственной продукцией), через республику перевозилось большое количество оборудования, вооружения, стратегического сырья, продуктов питания и промышленных товаров.

1955
В 1955 году Азербайджанская железная дорога обрела статус самостоятельной железной дороги в составе Министерства путей сообщения СССР. За время своего существования Азербайджанская стальная магистраль несколько раз входила в состав Закавказской железной дороги, а позже функционировала в качестве самостоятельной железной дороги. Так, постановлением Совета министров Азербайджанской ССР от 13 октября 1955 года Азербайджанская железная дорога продолжила функционировать как самостоятельная железная дорога в составе Министерства путей сообщения СССР. 7 октября 2005 года Президент Азербайджана Ильхам Алиев подписал распоряжение «Об учреждении профессионального праздника работников железной дороги». Согласно этому распоряжению, ежегодно 13 октября отмечается профессиональный праздник азербайджанских железнодорожников.

1979
В 1979 году построена железная дорога Агдам-Ханкенди. Этот проект был реализован по инициативе и под руководством общенационального лидера Гейдара Алиева. Уделяя всегда большое внимание развитию Нагорного Карабаха, он придавал особое значение строительству железнодорожных путей в районы Карабаха. С открытием железной дороги Баку-Евлах-Ханкенди социально-экономическое и культурное развитие Карабаха ускорилось, а связь Карабаха с Баку еще более окрепла. В начале 1990-х годов в результате военной агрессии Армении под армянской оккупацией оказались станции этой железнодорожной ветки: Агдам, Аскеран и Ханкенди.

1991-1994
В результате армянской агрессии крупные участки азербайджанских железных дорог оказалась под оккупацией. Оккупация Арменией 20 процентов территории Азербайджана нанесла урон всем отраслям экономики страны, включая железнодорожную отрасль. Так, враг оккупировал свыше 240 км железнодорожных путей, включая инфраструктуру и технику. Была приостановлена деятельность железных дорог Джульфа-Миндживан-Горадиз (включая пролегающую через Армению линию Мегри-Керчиван) и Евлах-Ханкенди. Следует отметить, что железнодорожники внесли достойный вклад в защиту азербайджанских земель. Сотни железнодорожников ушли на фронт, сражались с противником лицом к лицу. Санитарные поезда эвакуировали раненых с самых опасных участков линии фронта, оказывали медицинскую помощь пострадавшим.

2009
В 2009 году создано Закрытое акционерное общество «Азербайджанские железные дороги». ЗАО «АЖД» было создано распоряжением Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева от 20 июля 2009 года с целью развития системы железнодорожного транспорта до уровня международных стандартов. Соответствующим решением Кабинета министров 15 февраля 2010 года утверждены устав и структура ЗАО «Азербайджанские железные дороги». 18 сентября 2015 года ЗАО «Азербайджанские железные дороги» было выведено из подчинения Министерства транспорта и объявлено самостоятельной структурой. Это решение позволило «Азербайджанским железным дорогам» функционировать эффективнее и динамичнее.

2014-2018
В рамках сотрудничества с Stadler Rail Group в 2015–2018 годах были закуплены лучшие в своем классе электропоезда для эксплуатации на внутренних маршрутах и Апшеронской кольцевой железной дороге.
В 2015 году на линию Баку-Сумгаит-Баку пущены современные поезда, к началу 2017 года отремонтировано 200 км основных путей Абшеронской кольцевой железной дороги, после реконструкции сдан в эксплуатацию жителям вокзал Бакинской пассажирской станции с совершенно новой инфраструктурой обслуживания, а для восстановления пассажирских перевозок на Абшеронской кольцевой железной дороге построена линия Баку-Сабунчи-Пиршаги-Сумгаит-Хырдалан-Баладжары-Баку протяженностью 110 км.

2017
При активном и непосредственном участии АЖД была построена и сдана в эксплуатацию железная дорога Баку-Тбилиси-Карс. Торжественное открытие железной дороги Баку-Тбилиси-Карс, строительство которой велось с 27 ноября 2007 года, состоялось 30 октября 2017 года. Свыше 500 км 850-километровой железной дороги проходит через Азербайджан. Функционирование линии Баку-Тбилиси-Карс, кратчайшего из путей, соединяющих Европу с Азией, привело к укреплению логистического потенциала Азербайджана в транспортном коридоре «Восток-Запад». Железная дорога Баку-Тбилиси-Карс, став важной частью транспортной карты Евразии, служит стабильности и безопасности в своем регионе. В ближайшем будущем по маршруту Баку-Тбилиси-Карс планируется запустить и пассажирские перевозки.

2018-2020
ЗАО «Азербайджанские железные дороги», функционировавшее в усиленном режиме в дни Отечественной войны, сыграло важную роль в восстановлении территориальной целостности страны. В период 44-дневной войны железнодорожники возили на прифронтовые станции и обратно различные грузы, в том числе военную технику, продукты питания и топливо. Трофейная вражеская боевая техника также была доставлена в Баку по железной дороге. Самоотверженные труженики стальной магистрали день и ночь трудились под девизом: «Каждый вовремя прибывший на фронт поезд – мощный удар по врагу!» Непосредственно в боевых действиях приняли участие до 200 железнодорожников, четверо из которых стали шехидами. После окончания войны началась реконструкция железнодорожных путей на освобожденных территориях.
Также в 2020 году была полностью введена в строй Абшеронская кольцевая линия. Первый поезд Stadler в Азербайджане был пущен по реконструированной в сентябре 2015 года железнодорожной линии Баку-Сумгаит. С тех пор АЖД продолжила расширять парк этих отвечающих самым высоким стандартам поездов, производимых швейцарской Stadler Rail Group. В 2019 году были введены в строй линии Баку-Сабунчи и Сабунчи-Пиршаги. 18 марта 2020 года с открытием участка Пиршаги-Горадиль-Новханы-Сумгаит на полную мощность заработала Абшеронская кольцевая линия. Эксплуатационная длина Абшеронской кольцевой линии составляет 91 километр, а общая протяженность, включая станционные пути, составляет 198 километров. Эта дорога стала одним из важнейших транспортных проектов Баку и Абшеронского полуострова.
В 2018-2020 годах были реконструированы и сданы в эксплуатацию железнодорожные вокзалы Сумгаита и Сабунчи, а также остановки Забрат-1, Мухаммедли и станция Забрат-2, а в 2019 году после реконструкции открылась линия Сабунчи-Пиршаги Абшеронской кольцевой железной дороги. В 2020 году состоялось открытие участка Пиршаги-Горадиль-Новханы-Сумгаит Абшеронской кольцевой железной дороги.

2021
В 2021 году Президент Ильхам Алиев заложил фундамент железнодорожных линий Горадиз-Агбенд и Барда-Агдам. Вскоре после этого началось проектирование и строительство линий.

2022-2024
В 2022-2023 годах завершено строительство локомотивных депо «Ени Баладжары» и «Ени Гянджа», в 2023 году построен новый, второй по счету железнодорожный мост через реку Кура, а также проведен капитальный ремонт старых железнодорожных мостов через реки Араз и Кура.
Десять новых дизельных и электрических поездов компании Stadler были доставлены в страну в конце 2023 и в течение 2024 годов, пополнив парк поездов. Параллельно с закупкой новых поездов в 2023 году было подписано соглашение с Stadler Rail Group о создании Регионального сервисного центра.
В 2023 году впервые начались пассажирские перевозки по маршруту Баку-Габала-Баку, запущено приложение ADY Mobile. В 2023 году маршрут Баку-Гянджа-Баку был продлен до Агстафы, в том же году вновь назначены остановки в Говларе и Далляре, а с 2024 года - в Ляки и Уджаре.
С ноября 2023 года на участке Евлах-Балакен протяженностью 164 км велись масштабные ремонтные работы, были заменены непригодные шпалы, рельсы, соединители, добавлены недостающие путевые знаки. Впервые с 1960-х началась реконструкция путей Баладжарского сортировочного парка.
Став в 2023 году членом Глобального договора ООН, АЖД еще больше усовершенствовала программу действий, охватывающую области окружающей среды, социальных вопросов и корпоративного управления (ESG). В 2024 году АЖД представила свой первый Отчет об устойчивости.

В 2023 году были приобретены 303 новые платформы, для оздоровления локомотивного парка в целях организации безопасных грузоперевозок 17 локомотивов были отправлены на ремонт в Казахстан и Латвию, 12 из них уже возвращены в страну.
В 2023 году начал свою работу Азербайджанский железнодорожный музей.
Начатые в мае 2023 года работы по модернизации грузинского участка железной дороги БТК были завершены в мае 2024 года, и годовой объем перевалки грузов возрос с 1 млн до 5 млн тонн. В ноябре 2024 года из Баку в Китай по железной дороге был отправлен первый экспортный груз с целью поддержки развития Срединного коридора не только как маршрута Восток-Запад, но и как транспортной артерии Запад-Восток.
В 2024 году АЖД получила сертификат, подтверждающий соответствие международному стандарту Системы менеджмента качества ISO 9001:2015.

2025
В 2025 году стартовали регулярные рейсы по маршруту Баку-Балакен-Баку.
