Процесс развития и модернизации транспортной инфраструктуры, включая железнодорожный сектор, который был создан под руководством великого лидера Гейдара Алиева, успешно продолжается Президентом Ильхамом Алиевым.
В соответствии с указом Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева от 7 октября 2005 года об «Учреждении Дня Профессионального Праздника Работников Железных Дорог», каждый год 13 октября отмечается как день профессионального праздника работников азербайджанских железных дорог. Именно в этот день была создана независимая азербайджанская железная дорога.
Согласно указу главы государства от 20 июля 2009 года с целью приведения системы железнодорожного транспорта в соответствие с международными стандартами было создано Закрытое Акционерное Общество "Азербайджанские Железные Дороги". Соответствующим решением Кабинета Министров 15 февраля 2010 года было утверждено положение и структура Закрытого Акционерного Общества "Азербайджанские Железные Дороги".
6 июля 2010 года Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев подписал указ об «Утверждении Государственной Программы Развития Железнодорожного Транспорта» в Азербайджанской Республике на 2010–2014 годы. В программе отражены все аспекты, обеспечивающие быстрый рост железнодорожного транспорта в Азербайджане. Реализация государственной программы предусматривала увеличение транзитного потенциала страны, повышение уровня обслуживания в железнодорожном транспорте, а также сокращение транспортных расходов при перевозке пассажиров и грузов для обеспечения эффективной работы транспортного комплекса.
18 сентября 2015 года ЗАО "Азербайджанские Государственные Железные Дороги" было выведено из подчинения Министерства транспорта и объявлено независимым учреждением. Это решение позволило "Азербайджанским Государственным Железным Дорогам" работать более оперативно и гибко.
В этот период началось восстановление Абшеронского кольцевого железнодорожного маршрута. Так, у швейцарской компании "Stadler Rail Group" были закуплены двухэтажные скоростные электропоезда для использования на электрифицированной железной дороге Баку–Сумгаит. Также был подписан контракт на закупку электровозов у французской компании "Alstom" для маршрута Баку–Бююк-Кесик.
12 сентября 2015 года состоялась церемония отправления первого скоростного пассажирского поезда по маршруту Баку–Сумгаит с участием Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева.
10 февраля 2017 года состоялась церемония открытия Бакинского железнодорожного вокзала после реконструкции. В мероприятии участвовали Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев и первый вице-президент Мехрибан ханум Алиева.
Президент Ильхам Алиев уделяет особое внимание увеличению роли Азербайджана в международных коридорах и совершенствованию железнодорожной инфраструктуры по маршрутам Север–Юг и Восток–Запад. Строительство железнодорожной линии Баку–Тбилиси–Карс (БТК), являющейся одним из основных сегментов Восточно-Западного коридора, началось 27 ноября 2007 года. 30 октября 2017 года на церемонии открытия железной дороги присутствовали Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев, первая леди Мехрибан Алиева, Президент Турецкой Республики Реджеп Тайип Эрдоган и его жена Эмине Эрдоган, Премьер-министр Казахстана Бакытжан Сагинтаев, Премьер-министр Грузии Георгий Квирикашвили, Премьер-министр Узбекистана Абдулла Арипов, а также делегации из Таджикистана и Туркменистана.
Благодаря особому вниманию главы государства, линия БТК была модернизирована для удовлетворения растущего спроса на грузоперевозки и вновь введена в эксплуатацию в мае 2023 года.
Президент также придает большое значение строительству железнодорожных линий в освобожденных районах в рамках восстановительных работ после Великой Победы, достигнутой в Отечественной войне.
В соответствии с указом Ильхама Алиева от 24 ноября 2020 года, строительные работы на железнодорожной линии Берда–Агдам начались в начале декабря 2020 года. Фундамент железнодорожной линии Хорадиз–Агбенд был заложен 14 февраля 2021 года Президентом Ильхамом Алиевым. Строительство обеих железнодорожных линий успешно продолжается.
Достижения в азербайджанских железных дорогах являются результатом внимательного и чуткого подхода Президента Ильхама Алиева к развитию, модернизации и решению существующих проблем ЗАО "Азербайджанские Железные Дороги".