Начатый под руководством общенационального лидера Гейдара Алиева процесс развития и модернизации транспортной инфраструктуры и его составной части - железнодорожного сектора успешно продолжается президентом страны Ильхамом Алиевым.
В соответствии с распоряжением Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева от 7 октября 2005 года об “Об учреждении профессионального праздника работников железной дороги”, ежегодно 13 октября отмечается День азербайджанских железнодорожников.
Согласно распоряжению главы государства от 20 июля 2009 года с целью приведения системы железнодорожного транспорта в соответствие с международными стандартами было создано Закрытое акционерное общество “Азербайджанские железные дороги”. Соответствующим решением Кабинета министров от 15 февраля 2010 года были утверждены положение и структура ЗАО “Азербайджанские железные дороги”.
6 июля 2010 года Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев подписал распоряжение об утверждении «Государственной программы по развитию системы железнодорожного транспорта в Азербайджанской Республике в 2010-2014 годах». В госпрограмме отражены все аспекты, обеспечивающие быстрый рост железнодорожного транспорта в Азербайджане. Реализация государственной программы предусматривала увеличение транзитного потенциала страны, повышение уровня обслуживания в железнодорожном транспорте, а также сокращение транспортных расходов при перевозке пассажиров и грузов для обеспечения эффективной работы транспортного комплекса.
18 сентября 2015 года ЗАО “Азербайджанские железные дороги” было выведено из подчинения Министерства транспорта и превратилось в независимую структуру. Это решение позволило Азербайджанским железным дорогам работать более оперативно и гибко.
В этот период началось восстановление Абшеронской кольцевой железнодорожной линии. Так, у швейцарской компании Stadler Rail Group были закуплены двухэтажные скоростные электропоезда для использования на электрифицированной железной дороге Баку – Сумгаит. Также был подписан контракт на закупку электровозов у французской компании Alstom для линии Баку – Бёюк-Кясик.
12 сентября 2015 года при участии Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева состоялась церемония отправления по маршруту Баку – Сумгаит первого скоростного пассажирского поезда.
10 февраля 2017 года состоялась церемония открытия Бакинского железнодорожного вокзала после реконструкции. В мероприятии участвовали Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев и первый вице-президент Мехрибан Алиева.
Президент Ильхам Алиев уделяет особое внимание укреплению роли Азербайджана в международных коридорах и совершенствованию железнодорожной инфраструктуры по маршрутам Север-Юг и Восток-Запад. 27 ноября 2007 года началось строительство железнодорожной линии Баку – Тбилиси – Карс (БТК), являющейся одним из основных сегментов коридора Восток-Запад. 30 октября 2017 года на церемонии открытия этой железной дороги присутствовали Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев, первая леди Мехрибан Алиева, Президент Турецкой Республики Реджеп Тайип Эрдоган и его супруга Эмине Эрдоган, премьер-министр Казахстана Бакытжан Сагинтаев, премьер-министр Грузии Георгий Квирикашвили, премьер-министр Узбекистана Абдулла Арипов, а также делегации из Таджикистана и Туркменистана.
Благодаря особому вниманию главы государства, линия БТК была модернизирована для удовлетворения растущего спроса на грузоперевозки и вновь введена в эксплуатацию в мае 2023 года.
Президент также придает большое значение строительству железнодорожных линий в освобожденных после победы в Отечественной войне районах страны.
В соответствии с распоряжением Президента Ильхама Алиева от 24 ноября 2020 года, в начале декабря того же года начались строительные работы на железнодорожной линии Барда – Агдам. 14 февраля 2021 года Президентом Ильхамом Алиевым был заложен фундамент железнодорожной линии Горадиз – Агбенд. Строительство обеих линий успешно продолжается.
Достижения железнодорожного сектора страны являются результатом внимательного и чуткого подхода Президента Ильхама Алиева к развитию, модернизации и решению существующих проблем ЗАО “Азербайджанские железные дороги”.